酸牛奶、無菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的臘腸包裝中經常用到無菌處理。一些大型設施要求100,000級（ISO 8級和9級）以上。

灌裝（酒類、飲料等）
啤酒、果汁和汽水無菌填裝工藝增加了ISO 5級（100級）和ISO 6級（1,000級）潔凈室。

傳統系統中隧道式巴氏消毒法對產品進行各種高溫處理，得到的產品在物理特性上發生變化。相比之下，對受控巴氏消毒法的無菌充裝采用較低熱處理，可在幾方面改進產品的質量。

在潔凈車間內生產的食品，由于其具有較高的潔凈度可以保證食品不被細菌附著，但不能消除食品本身帶來的細菌，因此還需要加熱、噴藥、照射等方式滅菌。很多食品潔凈室主要用于滅菌后的冷卻、切斷（片）、包裝等工序。