微生物是無所不在的物種，對于凈化車間設計來說，必須考慮怎么處理大氣中的微生物,微生物懸浮于空氣中可形成各種各樣的微生物氣溶膠,微生物的種類達數十萬種,空氣中的微生物主要來源于土壤、江河湖海、動物、植物和人體。空氣中的花粉、孢子和某些細菌來源于植物,在圍場小麥上方空氣細菌濃度可達6500CFU/m3,有人報道植物表層的病毒可由風力吹走或借助其他外力進人空氣,動物極易污染環境造成許多傳染病的流行,71%的狗帶金黃色葡萄球菌,牛和羊可從胃排出大量微生物;人類是許多場合特別是公共場所空氣微生物的重要來源,一個正常人在靜止狀態下每分鐘可向空氣排放500~1500個菌粒,人在活動時每分鐘將向空氣中排放菌粒多達數千至數萬,每次咳嗽或打噴嚏可排放高達104~106個帶菌粒子;許多空氣中微生物來源于各種類型的生產活動,農業、林業、畜牧業和工業生產中都將造成空氣微生物污染,在工業生產的發酵、制藥、食品、制革等生產中都會造成空氣微生物污染;自然界中均有大量的微生物,在諸如人力、風力、水力等的作用下形成大量微生物釋放入大氣中。

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大氣中的自然微生物主要是外病原性的腐生菌,據報道各種球菌占66%,芽孢菌占25%,還有真菌、放線菌、病毒、蕨類孢子、花粉、微球藻類、原蟲及少量厭氧芽孢菌等。在種種不同場所的大氣中的微生物差異很大,在人員集中的公共場所、在病人集中的醫院、在某些工業產品的生產車間,除了存在著各種自然微生物外,還因特定條件存在著各種特有微生物。如醫院就有細菌類微生物約160多種,如結核桿菌、腸桿菌、沙門菌、葡萄球菌等;真菌類微生物約600多種,如隱球菌、曲霉和青霉、毛霉等,病毒類微生物數百種,如鼻病毒、腺病毒、流感、風疹病毒等;還會有支原體、衣原體、立克次體等微生物。不同醫院空氣中的微生物含量及種類也不相同,它與醫院內病人帶菌情況直接相關。

大氣中微生物的多少是空氣質量的重要標志之一,近年來國內外較為重視空氣微生物及其污染問題的研究,這將對于潔凈廠房中防止微生物污染采取必要技術措施是十分有利的。